A avicultura enfrenta problemas significativos que resultam em grandes prejuízos tanto para produtores quanto para cooperativas. Entre os principais desafios estão a proliferação de fungos e bactérias, como Salmonela, a infestação por insetos, como o cascudinho, e a emissão de gases nocivos, como amônia, que pode causar cegueira e até mesmo a morte das aves. Além disso, questões como a pododermatite, que afeta o desempenho das aves e prejudica a exportação, impactam negativamente a rentabilidade.